L'idée de créer une université par les Églises méthodistes libres en Afrique, particulièrement en Afrique centrale, a émergé dans les années 1980. Les dirigeants méthodistes libres prirent conscience de la nécessité de former la jeunesse de l'Église et de la société pour contribuer à l'émergence d'un leadership compétent. Bien que la dénomination ait déjà fondé plusieurs établissements d'enseignement supérieur en Amérique, il n'avait pas été possible d'étendre cette action éducative au continent africain. Un besoin urgent se fit alors sentir : implanter sur le sol africain une institution universitaire capable de former des centaines de jeunes, tant en théologie que dans divers domaines académiques et professionnels.
À la fin des années 1980 et au début des années 1990, toute la région des Grands Lacs fut plongée dans une crise profonde. Les Burundais prirent le chemin de l'exil vers les pays voisins, suivis peu après par les Congolais contraints de fuir leur pays. Le Rwanda ne fut pas épargné par ces bouleversements. Des millions de citoyens de ces trois pays se retrouvèrent en situation de déplacement forcé, un contexte malheureusement défavorable qui empêcha l'Église méthodiste libre de concrétiser son projet universitaire. Durant plusieurs années, l'idée même de créer l'université resta en suspens.